Действие происходит во временной линии бета.
Ринтаро Окабэ, путешествуя во времени, пытался спасти возлюбленную, но вместо этого случайно её убил.
Страдая от посттравматического синдрома и чувства вины, парень узнаёт, что есть программа, позволяющая сгружать сознание человека в искусственный интеллект.
И к его удивлению, оказывается, существует цифровая версия его погибшей девушки.
Уже несколько лет человечество ведет войну с «неизвестным» врагом.
Противник настолько силен, что есть лишь одна надежда: дети, которые когда-то в целях безопасности были погружены в криогенный сон, теперь пробудились и получили сверхъестественные способности.
Паразиты — создания, живущие за счёт своего носителя.
Обладают совершенно нечеловеческой силой.
Посланные небом они должны проникать в мозг человека для полной власти над носителем.
Но кому как повезёт.
Именно неудача одного паразита спасает жизнь школьника Синъити Идзуми.
Но и эта же неудача делает его носителем этого загадочного существа, обрекая Синъити на постоянную борьбу за выживание с другими, более сильными паразитами.
«Чёрная лагуна» — маленькая компания, которая доставляет грузы, зачастую нелегальные, по всему Южно-Китайскому морю.
Тёмная сторона жизни Таиланда, Филиппин, Малайзии, Индонезии и даже Японии.
Мафии разных стран — от Китая и Италии до Колумбии и России — бьются за власть в главном пиратском городе восточных морей, мифическом Роанапуре.
Ая и Мая конфликтуют из-за Соитиро Наги, который получает вызов от Мицуоми Такаянаги сражаться насмерть.
Тем временем Боб Макихара усиленно тренируется для участия в турнире.