Корпорация Смарт Брейн, одна из самых влиятельных в мире, пытается захватить власть над миром с помощью Орфеноков, новой ступени человеческой эволюции,путём превращения обычных людей в себе подобных.
Для этого они разработали три пояса, названными «Системы Райдеров» (Дельта, Файз и Кайза), носители которых должны были найти и защищать Короля Орфенока...
Но всё пошло не так, как задумывалось...
Много тысяч лет назад сражались Чёрный Бог и Белый Бог.
Последний проиграл и не желая отдавать свою силу врагу, послал её сквозь время в наши дни, решив даровать её людям, чтобы они могли победить в будущем Чёрного Бога.
Сила Белого Бога поделилась между большой группой людей на пароме, попавшем в шторм.
Обладателем главной доли сил оказался парень, потерявший во время крушения парома память - Шоичи Тсугами, который может теперь превращаться в Камен Райдера Агито.
Одновременно Чёрный Бог начинае...