Эта история о Котаро, Новом Ден-О.
Его контракт с Тедди закончился и если они снова будут сражаться вместе, то Тедди исчезнет навсегда.
В то же время, из будущего прибывает девушка, которую преследует Имаджин, и пытается заменить себя настоящую.
Так как Рьотаро ранен, Владелец временно дает Котаро его Имаджинов.
Это история любви между младшим Юто Сакураем и Айри.
Айри не понимает, что ее муж и Юто — один и тот же человек, и это причиняет Юто боль.
В это время человек, который влюблен в Айри, планирует нападение на нее.
Рьотаро и остальные создали детективное агентство «Полиция ДенЛайнера», которое уничтожает имаджинов, совершивших преступления во времени.
Но у Владельца был похищен запасной пасс Ден-О.
Расследуя это дело к ним пресоединяется детектив Сузуки Казуя, который рассказывает им о жаждущей власти «Организации зла».
Позже, в поисках организации они встречаются с Ватару, который подсказывает, где она находится.
Найдя организацию ребята понимают, что победить ее будет сложно т.к.
там объединились Имаджин...
Имаджины и Кохана собирались посетить Рьотаро, но на них напали два злых имаджина и Камен Райдер Юки.
Во время боя, он показал, что Юки есть не что иное, как Рьотаро одержимый злым имаджином.
Дела идут плохо, пока не появляется синий Ден-Лайнер и Новый Ден-О.
После того, как враги отступают, Владелец официально представляет нового Райдера - Котаро Ногами, внука Рьотаро из будущего и его имаджина Тедди.
Жизнь подростка-неудачника резко меняется, когда из ниоткуда появляется поезд времени.
Теперь ему предстоит заботиться не только о своих проблемах, но и о том, как остановить демонов-джинов, которые хотят поработить мир.
Бандит Гао угнал ДенЛайнер, чтобы отправиться в прошлое и найти легендарный поезд Бога - ГаоЛайнер, и взял в заложники имаджинов, оставив Рьотаро и Хану в прошлом.
Но Рьотаро теряет все воспоминания о Ден-О и поэтому его связь с Момотаросом потеряна.
В 2000 году они находят 11-летнего Рьотаро.
Также к ним присоединяются их старый знакомый Сиг и Юто, который помогает им попасть в прошлое, где ребята освобождают своих друзей и узнают настоящую цель Гао - стереть день рождения Рьотаро...