15-летний Нэку Сакураба приходит в себя в торговом районе Сибуя в Токио.
Он не помнит, как здесь оказался, а в руке у него — черные значки, благодаря которым парень начинает слышать мысли окружающих.
Вскоре на его телефон приходит сообщение — «Дойди до 104 за 60 минут, иначе исчезнешь».
Так Нэку попадает в «Игру жнецов».
В прошлом великий герой Сефирот уничтожил деревню, в которую он пришёл вместе с Заком и Клаудом в поисках матери, после чего направился в горы к реактору Мако, где находится его мать Женова.
Беспокоясь об отце, туда побежала девушка Тифа Локхарт, а потом солдаты Зак и Клауд.