В середине XXI века в разных уголках мира появляются люди со сверхсилой, которые совершают подвиги во имя мира и защиты человечества.
В Японии таким супергероем становится застенчивая 14-летняя школьница Тэру Момидзияма, известная под прозвищем Стесняшка.
Будущее.
В Нэо-Токио молодёжные банды именуются кланами, которые постоянно конфликтуют друг с другом.
Чтобы остановить насилие, правительство ввело в действие закон XB, суть которого состоит в том, что конфликт между кланами должен быть разрешён при помощи экстремального бейсбола — футуристической версии спортивной игры с применением высоких технологий.
После окончания очередной мировой войны наука сделала невероятные шаги — теперь каждый человек может продлевать свою жизнь с помощью кибернетических частей тела.
Все жители планеты связаны в общую сеть под названием Призраки, и широко распространились кибератаки на отдельных людей с целью кражи их памяти и тел.
После убийства премьер-министра Японии майор Мотоко Кусанаги и её Девятый отдел выходят на след киберпреступников.
Майор Мотоко Кусанаги, в детстве перенесшая многочисленные операции по кибернетизации тела и ставшая полноценным киборгом, оказывается под командованием Дайсукэ Арамаки, чтобы расследовать дело о взрыве бомбы.
Однако помимо нее Арамаки привлек к делу ветерана и экс-рэйнджера, по чьей вине случилось множество различных кровавых конфликтов в Южной Америке — Бато, и детектива Тогуса.
Вместе эта троица должна дать отпор всем террористам.
События фильма разворачиваются через год после Четвертой мировой войны.
Киборг и выдающийся хакер Мотоко Кусанаги из 501-го секретного подразделения вооруженных сил оказывается вовлечена в расследование бомбардировки.