Победив последнего Ангела, NERV сталкивается с более зловещей угрозой: пока Гэндо Икари начинает подготовку к Третьему удару, на их подземную штаб-квартиру нападают боевики Seele.
Рэй сливается с Лилит, а Синдзи предстоит сделать выбор — продолжит человечество существование или нет.
Боевым пилотом робота серии «Еванглион» становится 14-летний Синдзи Икари — сын руководителя NERV Гэндо Икари, замкнутый и необщительный подросток, тяжело переживающий отдаление отца.
Схожими проблемами страдают не только другие юные пилоты, но и взрослые сотрудники организации, от которых начальство скрывает истинный смысл проекта.